仕事始め

明けましておめでとうございます。
今年もよろしくお願いいたします。

今年の目標：
・論文5本受理（現時点では、3本投稿・修正中＋1本執筆中）
・学振PDを当てる

コンスタントに論文を書けるスキルを身につけたいです。



年末に訪れた白川郷。

負の二項分布でGAM

目的変数が負の二項分布に従うと仮定した一般化加法モデル（GAM）をするにはどうすればよいのかと思っていたら、Rのヘルプにそれっぽいことが書いてあった。
http://127.0.0.1:24616/library/mgcv/html/negbin.html

gam関数（library(mgcv)）の中のfamilyをnegbin(theta, link = "log")にすればよいみたい。
thetaは自分で指定するのだけど、2つの値を入れるとその間で最適なthetaを探してくれるらしい。
例えば、こんな感じにする。
family=negbin(c(1,10))

さて、この方法でうまく解析できるかな？

世界の行政界

下記サイトで世界の行政界のシェープファイルを入手してみた。

Global Administrative Areas
http://www.gadm.org/
※シェープファイルだけでなく、RDataやkml形式でのダウンロードも可能らしい。

中国だとこんな感じ。


こんなサイトもあるらしいけど、詳細は不明。
Natural Earth
http://www.naturalearthdata.com/

Rに全パッケージを追加する

Rに全パッケージを追加する方法らしきものを見つけたのでメモ。

追加パッケージをなんでもかんでも追加する


方法はこんな感じ（上記サイトからの引用）

## 1. CRANから一覧を入手
packs<-available.packages(contriburl=contrib.url("http://cran.md.tsukuba.ac.jp/"))

# 2. 一覧をもとにダウンロードとインストール
install.packages(packs[,1],contriburl=contrib.url("http://cran.md.tsukuba.ac.jp/"))


追記（2013/11/5）
こういうやり方もOKみたい。
availablePackages <- available.packages()[,1]
install.packages(availablePackages)